Durante la Edad Media, la vida en Europa Occidental fue muy dura, aunque se vio matizada por la capacidad de las personas de reaccionar intelectualmente ante la adversidad. Al miedo y la ignorancia se superpusieron los conocimientos médicos de la cultura clásica revertida por los árabes, más el afán de superación por el camino de la experiencia seguido por los científicos medievales. La farmacia realizó enormes progresos en esta época, consolidándose como una ciencia independiente, practicada por unos profesionales, reconocidos socialmente por su saber y por su ética.
En esta época existía preocupación por aspectos como la relación existente entre la forma de administración y el modo de acción de los medicamentos. En algunos tratados se puede leer que:
«Los fármacos pueden ser de uso interno o externo. Es decir, pueden actuar por dentro, como ocurre con aquellos que introducimos por la boca, por la nariz, por los oídos, o bien por el ano, o por la vulva; por fuera, como ocurre en el epítema, la cataplasma, los emplastos y los remedios parecidos».
Los farmacéuticos llevaban a cabo en la botica las fórmulas magistrales, entendidas como la preparación individualizada para cada paciente de los remedios prescritos, agrupándose en gremios junto a los médicos. En el renacimiento se va produciendo una separación más clara de la actividad farmacéutica frente a médicos, cirujanos y especieros, mientras que se va produciendo una revolución en el conocimiento farmacéutico que se consolida como ciencia en la edad moderna.
Cabe mencionar algunos exóticos remedios que se hicieron más populares durante el medievo: el cuerno del unicornio, la mandrágora y las piedras preciosas.
Los usos medicinales del unicornio eran los siguientes: el que bebía en un vaso hecho con este cuerno quedaba protegido contra las enfermedades, las heridas de guerra, el fuego y los venenos. El que lo tomaba pulverizado no padecía de epilepsia, ni de impotencia, ni de esterilidad, ni podía contagiarse de peste, viruela, lepra ni lombrices. Estuvo en las farmacopeas hasta el siglo XVIII. Pero, por supuesto, lo que no podía estar en las boticas era el cuerno de un animal que no ha existido jamás, así que los boticarios, que no dudaban de sus propiedades, debieron tener tremendos cargos de conciencia «adulterándolo» con cuerno de rinoceronte, ciervo, alce y especialmente colmillo de narval.
A la raíz de la mandrágora,también se le atribuían poderes misteriosos. Por su extraña forma, que a veces recordaba a la de un ser humano, se la consideró un afrodisíaco y un remedio contra la esterilidad. Sus principales usos, sin embargo, fueron como anestésico y como sedante. También se usaron como amuletos, sobre todo en Alemania, donde surgió la costumbre de tallar unos muñecos con ellas, que podían hacer invisibles a sus dueños, enriquecer al pobre, conceder favores amorosos, y curar cualquier enfermedad. La raíz de mandrágora se usó hasta el XVII.
Las antiguas civilizaciones ya concedían propiedades mágicas a ciertas piedras preciosas. Durante la Edad Media, se siguió creyendo en ellas: como amuletos, podían preservar la vida, como medicamentos, podían curar numerosas enfermedades.
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